Jan Štěpánek je absolventem Vysoké školy zemědělské v Praze. Po ukončení studia nastoupil v Potravinách Praha a od roku 1991 je zaměstnancem České obchodní inspekce. Do roku 1994 byl inspektorem, následně ředitelem Inspektorátu Středočeský a hl. m. Praha. Od listopadu 2010 byl pověřen vedením České obchodní inspekce.
K 1. září 2011 byl Jan Štěpánek ministrem průmyslu a obchodu Martinem Kocourkem jmenován ústředním ředitelem České obchodní inspekce.
Jan Štěpánek je ženatý a má dvě děti.